Historia 2000 - 2004
Lähde: U.S. Department of State, http://www.state.gov/r/pa/ei/bgn/ ja useat uutistoimistot
 

Huolimatta vuoden 2000 vaaleista demokratia ei toteutunut seuraavien 3 vuoden aikana. Presidentti Yala ei käyttänyt veto-oikeuttaan eikä julkistanut uutta perustuslakia, vaikka se oli vahvistettu huhtikuun 2001 Kansallisessa kokouksessa. Tämän tuloksena lain voima hämärtyi.

Vuoden 2002 lokakuun 14. päivänä presidentti erotti pääministeri Alamara Nhassen hallituksen , hajotti kansalliskokouksen ja määräsi uudet lailliset vaalit. Kaksi päivää myöhemmin hän nimitti pääministeriksi virkamieshallitukseen Mario Piresin. 

Kansalliskokouksen (parlamentti) vaalit oli suunniteltu pidettäviksi huhtikuussa 2003, mutta ne siirrettiin ensin kesäkuuhun ja sitten lokakuuhun. Vuoden 2003 syyskuun 12. päivänä kansallisen vaalikomission presidentti ilmoitti, että vaaleja on mahdotonta pitää lokakuun 12. päivänä - kuten aikataulussa oli mainittu.

Syyskuun 14. päivänä 2003 armeija, puolustusvoimien komentajan, kenraali Verrisimo Correia Seabran johdolla puuttui asiaan. Presidentti Yala ilmoitti eroavansa "vapaaehtoisesti". Hänet asetettiin kotiarestiin. Hallitus hajotettiin ja 25-jäseninen komitea perustettiin. 

Syyskuun 28. päivänä 2003 liikemies Henrique Riosa vannoi presidentinvalan.  Hän oli saanut useimpien poliittisten puolueiden ja siviiliyhteisön tuen taakseen. Artur Sanha, PRS:n presidentti, vannoi pääministerin valan.
 

Guinea-Bissaun hallitus käynnisti "Koulutus III" projektin heinäkuussa 2003. Maassa vain noin 60% lapsista pystyy käymään koulua ja aikuisten lukutaidottomuus on 60% ja naisten kohdalla luku on jopa 75%.

Projektin - $10.17 miljoonaa - rahoittavat Afrikan Kehityspankki, Nigerian Luottolaitos ja Guinea-Bissaun hallitus. Projektin tarkoituksena on:
1. rakentaa uusia kouluja, luokkia ja korjata tuhoutuneita syrjäisillä alueilla
2. varustaa kouluja pulpeteilla, pöydillä, tuoleilla ja liitutauluin
3. jatkokouluttaa opettajia ja rehtoreita (4000 opettajaa ja 800 rehtoria) edelleen opettamaan muita opettajia
4. valmentaa kouluja ja terveysviranomaisia malarian hoidossa ja STD/AIDS ehkäisyssä

Projektin tarkoituksena on nostaa koulunkäyntiaste 2003/60%:sta vuoteen 2007 mennessä 70%.
Projektin tavoitteena on myös alentaa alle köyhyysrajan olevien (2003 88%) määrä vuoteen 2007 mennessä 78%:iin.
 

Maaliskuun 28. ja 30. päivänä 2004 Guinea-Bissaussa pidettiin lailliset parlamenttivaalit kansainvälisten tarkkailijoiden ollessa mukana.

 Maan parlamentti - Assembleia Nacional Popular - käsittää 102 jäsentä.

Toukokuun 9. päivänä 2004 Carlos Gomes jr. nimitettiin maan pääministeriksi ja hallitus muodostettiin seuraavista puolueista: PRS, RGB, Ad, UM, PSD, FDS ja UNDP.