Maan länsiosan muodostaa Sikasson ylänkö. Tätä kuivaa hiekkaylänköä peittää ruohokasvillisuus. Laaksoissa on maanviljelyalueita ja metsiä. Pääkaupungin Ouagadougoun pohjoispuolella on Mossin ylänköalue, joka kohoaa 500 m:n korkeuteen.

Burkina Faso on osittain tropiikissa, jossa vuorottelevat kesäsateet ja talviajan pitkät kuivuuskaudet. Talvella Saharasta puhaltavat kuivat ja kuumat harmattan-tuulet.

Hallitsevat kasvillisuustyypit ovat etelässä kosteasavanni, sisämaassa kuivasavanni ja pohjoisessa piikkipensassavanni. Tiheään asutuilla alueilla maanviljely on levittäytynyt ja vallannut alaa savanneilta.