Päiväntasaajan Guinea: Historia: 1400 - 1900
Lähde: U.S. Department of State

Ensimmäisten nykyisen Päiväntasaajan Guinean alueen asukkaiden uskotaan olleen pygmejä.  Kun sitten bantukansa  tuli alueella 1100- 1200-luvuilla, alueella käytiin raskaita sotia. Alueella asuivat valtaväestönä pygmit ja ndowet. Sitten seurasi sotaisan fang-kansan tunkeutuminen alueelle sekä bubi-kansan vaellus Kamerunista Biokoon ja Rio Muniin, jossa he voittivat alkuperäisväestön.
Alue pysyi sitten pitkään vihamielisenä ulkopuolisille ja se esti eurooppalaisten mahdollisuuden valloittaa alue.

Portugalilainen tutkimusmatkailija Fernando Po löysi Biokon saaren vuonna 1471 etsiessään merireittiä Intiaan. Hän kutsui löytämäänsä saarta nimellä "Formosa" ( kaunis kukka). Portugalilaiset säilyttivät hallinnan täällä aina vuoteen 1778, jolloin Biokon saari ja läheiset muut saaret sekä kauppaoikeudet mantereella Nigerin ja Ogoue joen välillä luovutettiin Espanjalle, joka puolestaan antoi Portugalille vaihdossa alueita Etelä-Amerikasta. Vuodesta 1827 aina vuoteen 1843 englantilaiset pitivät Biokoa hallussaan ja se toimi orjakaupan keskuksena. Pariisin sopimuksen (1900) mukaan alue käsittäen myös mantereen osan siirtyi Espanjan hallintaan. Biokosta tuli Espanjan tärkein alue päiväntasaajan Afrikassa voittotuottavan kaakaokaupan ansiosta.