Syyskuun 27. päivä 1986 70 toisinajattelevaa sotilasta, jotka tulivat Ghanasta Lomén, yrittivät kaataa Eyademan hallituksen - siinä kuitenkaan onnistumatta.

Vuosina 1989 - 1990 Togossa, samoin kuin monessa muussakin maassa, puhalsivat demokraattista muutosta vaativat tuulet, jotka tulivat lähinnä Itä-Euroopasta ja Neuvostoliitosta. Lokakuussa 1990 hallitusta vastustavat opiskelijat saivat aikaan mielenosoituksia ja mellakoita pääkaupungissa Loméssa. Hallitusta vastustavat mielenilmaisut ja väkivaltaisuudet johtivat yhteenottoon hallituksen turvallisuusjoukkojen kanssa. Nämä taistelut kestivät kuukausia.

Huhtikuussa 1991 maan hallitus aloitti neuvottelut uudelleen syntyneiden oppositioryhmien kanssa. Neuvottelujen tuloksen saatiin aikaan mm. se, että maanpaossa olleet saattoivat palata takaisin. Yleislakon ja mielenosoitusten myötä hallitus ja oppositio allekirjoittivat sopimuksen siitä, että "kansallinen kokous" pidettäisiin 12.06.1991.

Kansallinen kokous (foorumi) pidettiin heinäkuussa 1991 ja heti se julistautui täysivaltaiseksi "Kansalliseksi konferenssiksi". Huolimatta hallituksen  useista vastustuskista konferenssi laati väliaikaisen perustuslain. Sitä nimitettiin 1-vuotisen siirtymäkauden hallintojärjestelmäksi, jonka yhtenä tehtävänä oli järjestää uudet hallitusvaalit. Konferenssi valitsi Joseph Kokou Koffigohin, juristin ja ihmisoikeusryhmän johtajan, pääministeriksi. Presidentti Eyadema pysyi virassaan vastustuksista huolimatta.

Taistelu tavoitteista presidentin ja vastapuolen välillä kesti kolme vuotta, jona aikana presidentti piti ylintä valtaa. Poliittinen lamaannus ja ajoittaiset väkivaltaisuudet sävyttivät tätä aikaa. Siirtymäkauden lainsäädäntöelimen järjestämä äänestys, jonka tarkoituksena oli hajottaa presidentin puolue RPT, johti siihen, että maan armeija hyökkäsi pääministerin toimistoon 3.12.1991 ja vangitsi pääministerin. Tämän seurauksena pääministeri Koffigoh muodosti toisen siirtymäkauden hallituksen tammikuussa 1992, jossa huomattava osa ministereistä oli presidentin puolueesta. Oppositiojohtaja Gilchrist Olympio, joka oli surmatun presidentin Sylvanus Olympion poika, joutui väijytykseen ja haavoittui vakavasti 5.5.1992. Väijytyksen takana olivat sotilaat.

Heinä- elokuussa osapuolet sopivat uudesta poliittisesta sopimuksesta. Syyskuun 27. päivänä 1992 saatiin aikaan Togon neljännelle tasavallalle uusi perustuslaki.

Tammikuussa 1993 presidentti Eyadema ilmoitti, että siirtymäkausi on loppu ja uudelleen nimitti pääministeriksi Koffigohin. Tämä aikaansai yleisiä mielenosoituksia ja tammikuun 25. päivänä maan turvallisuusjoukot avasivat tulen rauhaomaiseen mielenosoitukseen - ainakin 19 kuoli. Seuraavina päivinä oppositio haavoitti tai tappoi useita turvallisuussotilaita väijytyksistä. Tammikuun 30. päivänä 1994 sotaväen osastot suorittivat  8 tuntia kestävän rynnäkön pääkaupunkiin Loméen - surmansa sai ainakin 12 henkilöä. Tämä tapaus olojen epävakauden lisäksi aikaansai sen, että yli 300.000 togolaista pakeni pääkaupungista naapurivaltioihin - Beniniin, Ghanaan tai Togon sisämaahan. Suurin osa heistä pääsi palaamaan kotiinsa 1996, mutta osa jäi pakolaisiksi vieraisiin maihin.

Vuoden 1993 maaliskuun 25. päivänä ryhmä togolaisia toisinajattelevia hyökkäsi pääkaupunki Loméen - iskujoukko tuli Ghanasta. Tarkoituksena oli tappaa presidentti - siinä ei kuitenkaan onnistuttu.

Yhä kasvavan niin kotimaisen kuin ulkomaisen painostuksen alla sekä yleislakon vuoksi, hallitus taipui neuvotteluun opposition kanssa vuoden 1993 alussa.

Ouagadougoussa  (Burkina Fason pääkaupunki) 11.07.1993 käydyt neuvottelut päätyivät sopimukseen tulevista presidentin- ja hallitusvaaleista. Presidentinvaalit pidettiin 25.08, mutta kiireestä ja puutteellisista vaalivalmisteluista (nämä aiheuttivat pelkoa vilpistä) sekä opposition huonoista mahdollisuuksista vaalikampanjaan, oppositio ehdokkaat - entinen ministeri, kenraali Edem Kedje ja  tuomari Yawovi Agboyibo putosivat kilpailusta juuri ennen vaaleja. Presidentti Eyadema voitti vaalit - 96.42% annetuista äänistä. Ainostaan 36% äänesti - muut boikotoivat vaaleja.

Epävakaudet olivat arkipäivää Togossa. Tammikuussa 1994 aseistautuneet toisinajattelijat hyökkäsivät Ghanasta käsin hallituksen joukkoja vastaan pääkaupungissa Loméssa. Presidentti selvisi vahingoittumatta ja Togon armeijan hyökkäykset aiheuttivat satojen siviilien kuoleman. Hallitus järjesti lain määräämät vaalit 5. ja 20. helmikuuta. Yleisissä ja vapaissa vaaleissa - kansainvälisten tarkkailijoiden ollessa paikalla - oppositiopuolueiden - UTD ja CAR - allianssi voitti enemmistön kansalliskokouksessa. Huhtikuun 22. päivänä presidentti nimitti Edem Kodjon - pienen oppositiopuolueen UTD:n johtajan - pääministeriksi, vaikka Yawovi Agboyibon CAR-puolue oli saanut enemmän paikkoja kansalliskokouksessa. Kodjon ottaessa vastaan pääministerin tehtävät, CAR-puolue irtisanoi yhteistyösopimuksen ja kieltäytyi osallistumasta hänen hallitukseensa.

Vuoden 1998 kesäkuun presidentinvaaleissa hallitus asetti esteitä kansalaisten aktiiville äänestykselle. Vaalien jälkeen Togon sisäministeriö kertoi, että Eyadema oli voittanut vaalit 52% äänimäärällä. Vaikka hallitus ei avoimesti jarruttanut opposition toimintaa, niin presidentti käytti sotilaallista voimaa ja hallitus salli kansalaisten pelottelun ja ahdistelun. Kaikki maan toimintaan ja päätöksien tekoon keskittyi nyt presidenttiin.